F. Bouza estudou estas alterações de Beja, inserindo-as nos protestos populares contra as medidas executivas de Filipe II. Constituem uma tentativa gorada de organizar uma grande revolta em Portugal a favor do Prior do Crato. A fonte são as cartas entre o conde de Portalegre e Filipe II e outras figuras da corte. O contexto foi a partida do Cardeal Alberto, o novo imposto do consulado, o restabelecimento dos portos secos, os ataques corsários e as ameaças holandesas. A 29 de agosto de 1592, foram afixados nas portas da catedral de Beja e de outras igrejas "unos papeles abominables". Logo depois apareceram pasquins parecidos nas vilas de Moura e de Mourão. Os papéis apelavam à revolta, contando com a simpatia das populações à causa antoniana e com a memória ainda viva do pai de D. António, o infante D. Luís, duque de Beja e donatário de Beja e Moura. Quando em Lisboa se soube da aparição dos cartazes, mandou-se fazer "aueriguación y castigo de aquel delito", ordenando que as 5 companhias que se dirigiam a Lisboa fossem para Beja aplacar as alterações. Assim foi. As suspeitas recaíram sobre Santos Pais, preso em outubro de 1593. Além das provas sobre a adesão a D. António, nada se sabe sobre o acusado. Também não se conhece a evolução das tensões. Para Bouza, o ‘esquecimento’ destes episódios resultou da eficaz propaganda da fidalguia portuguesa, após 1640, interessada em ‘apagar’ a sua falta de apoio aos protestos populares contra a governação dos Áustrias em Portugal.