El secuestro de 22 guajiros (wuayúu) para enviarlos como mano de obra a trabajar en las fortificaciones de Cartagena de Indias, además de otros agravios a que dieron lugar las órdenes de D. Jerónimo de Mendoza, nuevo gobernador de Riohacha, provocó en Mayo de 1769 un levantamiento indígena sin precedentes que supuso la caída en manos de los sublevados de todas las poblaciones del sur de la Península de La Guajira. Murieron un centenar de españoles, fueron hechos muchos prisioneros y se expulsó a los misioneros, siendo destruidos más de veinte poblados, tanto de nativos como de criollos, sólo Riohacha resistió con dificultades el duro sitio a que fue sometida. Las disensiones entre los líderes indígenas, que dio lugar a un sangriento combate entre los rebeldes, y la llegada de refuerzos, permitieron que la revuelta se fuese apagando lentamente. Con todo, oficialmente, su final no se produciría hasta 1772, fracasados los intentos de pacificación militar, mediante un proceso de negociación que supuso la liberación de los guajiros cautivos enviados a Cartagena, y el pago de indemnizaciones a las comunidades afectadas, en ganado, aguardiente y otros productos. Los resultados de la rebelión a largo plazo fueron positivos para los guajiros, que reforzaron su autonomía; desaparecieron las misiones capuchinas y los españoles se retiraron al sur de los ríos Calancala (Ranchería) y Sucuy (Limón), permaneciendo las tierras de La Guajira al margen de la autoridad española.