Quando, em maio de 1793, tomou posse o novo capitão-mor de Bissau, o oficial português José António Pinto, já os portugueses se defrontavam de forma recorrente na Guiné com rebeliões nativas e sublevações de soldados, maioritariamente degredados, vindos de Cabo Verde e de Portugal. Mais um desses conflitos, com algum significado, ocorreria nos finais de 1794. No dia 1 de novembro, os papéis, que constituíam o grupo étnico dominante na região, começaram a atacar os moradores que se aventuravam alguns metros fora da praça. No dia 29 apoderaram-se de algumas vacas que pastavam junto à fortaleza, ao que os portugueses responderam com tiros de canhão que dizimaram várias pessoas. Desde esse dia até 18 de julho de 1795, os papéis mantiveram a Praça de Bissau num cerco permanente. O capitão-mor optou por uma guerra defensiva, pois a praça ficou reduzida aos seus 80 soldados e apenas 34 moradores, já que os grumetes – uma população nativa ou mestiça cristianizada que prestava serviços de apoio aos portugueses – se tinham passado em massa para o lado dos seus parentes papéis. O capitão mandou incendiar o mato e as casas dos grumetes que rodeavam a fortaleza, com o duplo objetivo de desimpedir a visibilidade e de eliminar um refúgio para as forças guineenses. As forças conjugadas dos papéis e dos grumetes tiveram então de abrandar o cerco, efetuando ataques principalmente durante a noite. Entretanto, morreu o rei ou régulo de Bissau e o seu sucessor, cansado de tantas mortes, decidiu ajustar a paz.