El dinámico comercio de Manila con China dependía de la importante comunidad china (llamados 'sangleyes') asentada en el Parián, el barrio en el que vivían extramuros de la ciudad. En Mayo de 1603 se recibió una extraña embajada procedente de China, a la que posteriormente, el gobernador le atribuiría la responsabilidad de instigar el levantamiento, que habría tenido el objetivo de conquistar el país expulsando a los españoles, e indica en su informe a la Corte, que empezó a tomar medidas para la defensa ante un posible ataque. Al parecer la revuelta habría tenido también promovida por un colectivo de vagabundos e indeseables, que deseando sacar beneficio del saqueo, habrían comenzado a difundir rumores falsos acerca de los planes de los españoles de matar a todos los chinos, presentando como prueba las medidas defensivas del gobernador. La revuelta comenzó la noche del 3 de Octubre, sin embargo los chinos fueron rechazados en sus intentos por tomar Manila, y con la ayuda prestada por japoneses y 1500 pampagos y tagalos, fue sangrientamente reprimida, falleciendo entre 25.000 y 30.000 sangleyes. Sin embargo ambas partes se necesitaban, los chinos por la plata que llegaba de México y los españoles por tener acceso a las lucrativas mercancías chinas. En 1604 se reanudaron las relaciones comerciales y en 1606 se admitió el regreso y la instalación de chinos en el Parián, que pronto alcanzaron los anteriores niveles demográficos. Con todo, habría nuevas rebeliones en 1639, 1662 y 1686.